Os Salesianos, nas pessoas do P. Pedro Baron e do Clérigo Agenor Passos, chegaram em Itajaí nos primeiros dias do mês de fevereiro de 1956, a fim de assumirem a direção do Ginásio de Itajaí, até esta data, dirigido por uma S/A. Ao assumirem a direção do Ginásio, os Salesianos mantiveram em funcionamento as quatro séries então existentes. Agenor Passos dedicou-se, desde logo, na organização da Secretaria, para que as aulas daquele ano pudessem iniciar em cinco de março, como de fato aconteceu, com 245 alunos matriculados.
No ano seguinte, mais de 500 alunos se matricularam no Ginásio. O Corpo Docente era formado por cinco sacerdotes e dois seminaristas, todos com carga horária de trinta horas semanais. Havia também a colaboração de professores leigos. A direção do Ginásio foi confiada ao P. Pedro Baron, italiano de origem e naturalizado brasileiro. Sua capacidade administrativa, demonstrada anteriormente, oferecia segurança e confiança a todos os que com ele trabalhavam. Em janeiro de 1960, iniciaram as obras de construção do novo prédio.
Em 1965 inicia o curso científico. P. Pedro Baron retira-se para o tratamento de saúde. Assume a direção o P. Érico Schmengler. Em 1969 assume a direção o P. Mansueto Tress. Neste ano o P. Lino Fistarol funda a Banda Marcial do Salesiano. O Grêmio Estudantil organiza a I OLEI – Olimpíada Estudantil de Itajaí. Em 1970 o Colégio passou a matricular alunos de ambos os sexos.
A presença Salesiana na cidade sempre foi destaque pelo seu incentivo ao esporte, música e educação. Em 1979, tiveram início as turmas de primeira à quarta série do Ensino Fundamental. Em 1980 começou a funcionar a pré-escola e em 1982, o Jardim de Infância.
Em 1995 aconteceu a implantação do Laboratório de Informática, buscando também aliar a sua tradição em ensino às novidades tecnológicas. Em 1996 aconteceu a construção do Centro Esportivo Salesiano P. Pedro Baron (área coberta).
Foram diretores, além dos já nomeados acima:
1972 a 1977 – P. Teobaldo Heck
1978 a 1983 – P. Lino Fistarol
1984 e 1985 – P. Assis Moser
1986 a 1990 – P. Ademar Urbainski
1991 a 1996 – P. Licério Spezia
1997 a 1999 – P. Guerino Stringari
2000 a 2006 – P. Lino Fistarol
2007 a 2013 – P. Arcangelo Deretti
2014 a 2016 – P. Osvaldo Bisewski
2017 a 2019 – P. Severino Piccinini
Em 2017, seguindo o redimensionamento das escolas da Rede Salesiana, assume a direção executiva a professora Veronica Roncelli. Em 2020, P. Assis Moser assume como diretor da comunidade salesiana de Itajaí, que compreende o Colégio Salesiano, o Parque e a Paróquia Dom Bosco, além do Colégio Salesiana de Balneário Camboriú.
Hoje, o Colégio conta com um ginásio de esportes, quadras a céu aberto, área específica para a Educação Infantil, grande estrutura para esportes, espaço verde, além de salas de aula informatizadas e laboratórios. Tudo para promover o desenvolvimento integral dos educandos “traduzindo o Sistema Preventivo de Dom Bosco, num Jeito Sempre Novo de Educar”.